液相系统中的第二类颗粒物来源是流动相。如果HPLC系统中存在颗粒杂质,那么系统中的几个部件都不可以良好地运行。这些部件包括比例阀、止回阀、管路和色谱柱的滤头。由于这个原因,使用没有颗粒杂质的流动相非常重要。如果不是使用HPLC级别的溶剂作为流动相。那么流动相的组成成分必须在加入储液瓶之前经过过滤。对于那些受监管的工作环境,应该有一份标准操作程序(SOP)的书写文档,说明什么时候有必要对流动相进行额外过滤,什么时候不必要。
使用预先过滤过的溶剂是避免杂质颗粒进入流动相的zui简单的方法。市场上销售的HPLC级别的溶剂在包装前预先经过亚微粒(通常为0.2μm)过滤器过滤。实验室里(比如Milli-Q水净化处理)准备的HPLC级别的水最后一步要通过0.2μm的过滤器过滤。如果在流动相里只用HPLC级别的液体,一般共识的就是不需要在使用之前操作任何额外的过滤程序。然而,假如使用的是非HPLC级别的试剂或者在流动相里加入了任何固体的试剂(比如磷酸盐缓冲剂),那么最明智的做法就是在使用之前过滤所有的流动相混合物。
流动相可以很容易地通过流动相真空抽滤装置来过滤。一般步骤是首先将微孔滤膜(通常孔径0.5μm)放置在漏斗和真空烧瓶之间的支撑滤头上。然后把溶剂倒入漏斗然后在真空泵的协助之下,收集(过滤后的)溶剂。抽滤器生产商为不同的过滤应用提供了合适的过滤器材料的选择指导。比如,PTFE微孔滤膜具有疏水性,适用于纯有机溶剂,比如甲醇或者乙腈,但因为非极性很强因此不适用于快速过滤水。真空烧瓶之间的密封材料是用磨砂玻璃制成的,或者是一种“惰性"的瓶塞(比如硅酮),但是最好还是不要让流动相和瓶塞接触。